由于傳統定量方法都是終點檢測，即PCR到達平臺期后進行檢測，而PCR經過對數期擴增到達平臺期時，檢測重現性極差。同一個模板在96孔PCR儀上做96次重復實驗，所得結果有很大差異，因此無法直接從終點產物推算出起始模板量。加入內標后，可部分消除終產物定量所造成的不準確性。但即使如此，傳統的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。  內標定量：若在待測樣品中加入已知起始拷貝數的內標，則PCR反應變為雙重PCR，他們之間存在兩種模板之間的干擾和競爭，尤其當兩種模板的起始拷貝數相差比較大時，這種競爭會表現得更為顯著。但由于待測樣品的起始拷貝數是未知的，所以無法加入合適數量的已知模板作為內標，也正是這個原因，傳統定量方法雖然加入內標，但仍然只是一種半定量的方法。  外標定量：外標法不是把標準物質加入到被測樣品中，而是與被測樣品在相同條件下進行檢測。由于在熒光定量PCR中，Ct值與起始模板的對數存在線性關系，因此可以利用標準曲線對未知樣品進行定量測定，并且在PCR循環剛剛進入真正的指數擴增期時，Ct值的重現性極好，即同一模板不同時間擴增或同一時間不同管內擴增，得到的Ct值是恒定的，因此定量的結果也會準確很多。  美國Texas大學的科研人員進行了外標法定量和內標法定量的方法學比較，得出的結論是：內標法作為定量或半定量的手段是不可靠的，而外標準曲線的定量方法是一種準確的、值得信賴的科學方法。【Ke LD, Chen Z, Yung WK.A reliability test of standard-based quantitative PCR: exogenous vs endogenous standards. Mol.Cell Probes,2000,14(2):127-135】