HBV-DNA檢查是反應乙肝病毒復制程度和傳染性大小的最直接指標。臨床數據顯示，在乙肝兩對半大三陽病例  中，HBV DNA陽性的檢出率極高，但HBV DNA陰性的結果也是很有可能的。一般乙肝大三陽HBV-DNA陰性雖然表明患者病毒未超標，但大三陽結果提示患者感染乙肝病毒，且具有較強傳染性。盡管如此，臨床檢驗者也可能遇到大三陽標本HBV DNA檢測不出的情況。首先對于這樣的標本，可以將標本進行稀釋后進行復查，排除血清或血漿標本中存在抑制物或者陽性標本HBV DNA濃度超過試劑盒上限而導致PCR擴增失敗的情況。其次，乙肝病毒發生變異也是導致PCR擴增不出的原因之一，通常都是用藥治療患者的乙肝病毒核酸序列發生了突變。如經過多種PCR試劑檢測失敗后，可進行DNA測序以確定乙肝病毒及其變異位點，以指導臨床醫生用藥治療。最后， 可更換另一廠家試劑進行檢測，排除原試劑本身設計缺陷而造成漏檢的情況。